Doujutsu to najprościej mówiąc techniki wzrokowe.  Jak do tej pory znane nam są tylko trzy Doujutsu: Sharingan, Byakugan oraz Rinnengan.

Sharingan to tak zwane „kopiujące oczy”, których używać mogą jedynie członkowie klanu Uchiha. Są one zdolne do kopiowania technik Ninjutsu, Taijutsu i Genjutsu. Potrafią również przewidywać ruchy przeciwnika z wyprzedzeniem ułamka sekundy, aby użytkownik miał więcej czasu na reakcję. Poza tym bardziej wykwalifikowani Uchiha potrafią używać Sharingana - a dokładniej Mangekyou Sharingan - do technik Genjutsu.

Byakugan, czyli „białe oczy”, to karta atutowa klanu Hyuuga. Dzięki niemu można widzieć z przybliżeniem na odległość nawet kilku kilometrów. Do tego prześwietla on przedmioty niczym rentgen, przez co nie ma dla niego przeszkody w postaci skały czy drzew. Oprócz tych podstawowych umiejętności Hyuuga może widzieć także cyrkulację chakry przeciwnika.

Rinnengan(Dosł.Oczy samsary)Rinnegan to ograniczenie więzów krwi Rikudou Sennin (Mędrca Sześciu Ścieżek) i jego potomków. Rikudou Sennin był przedstawiony jako pierwotny shinobi, a jego doujutsu traktowane jako najpotężniejsze z trzech wielkich doujutsu. Mówi się, że jako pierwotny shinobi stworzył współczesne ninjutsu. Rinnegan był traktowany jako bóg stworzenia, kiedy świat był umęczony chaosem i jako broń destrukcji, która mogła zwrócić wszystko w nicość. Używanie Rinnegana może dać władze użytkownikowi nad wszystkimi sześcioma elementami chakry.

Prawdziwe zdolności Rinnegana obecnie są nieznane. Sierota z AmeGakure (Wioski ukrytej w deszczu), Nagato, był dziedzicem doujutsu i używał go nie
zdawając sobie z tego sprawy, kiedy był zły i wystraszony. Wchodził w stan berserka, który pozwalał mu pokonywać o wiele silniejszych wrogów. Może tą samą zdolnością, która pozwalała mu nigdy nie przegrywać jako "Pein", przywódca frakcji buntowników AmeGakure i Akatsuki. Nagato pod przykrywką Peina miał także zdolność do przechodzenia pomiędzy sześcioma różnymi ciałami. Za każdym razem, gdy Nagato przenosił się do innego ciała, jego Rinnegan podróżował z nim.
To prawdopodobnie daje początek nawie "transmigracji". To cykl reinkarnacji i odrodzenia występującego w Hinduizmie i Buddyzmie. Jest sześć stadiów odrodzenia w kosmologii, przedstawiające wszystkie dobre i złe możliwości życia.

Co ciekawe na forum Rinnengan jest traktowany jako specjalna umiejętność, nie jako Kekkei Genkai.